Elles sont implantées en général dans les établissements des pays de la francophonie d'appel où le français n'est donc pas la langue courante d'enseignement. L'Agence apporte son soutien aux universités qui mettent en place des filières de formation dans lesquelles le français sera totalement ou au moins partiellement la langue d'enseignement.
Les filières peuvent être nationales et accueillir uniquement les étudiants du pays, ou internationales et être ouvertes aux étudiants de la région et au-delà de toute la francophonie.
Les filières en particulier internationales, bénéficient d'un environnement francophone (livres, supports audiovisuels, nouvelles technologies de l'information : DOCMEF, Internet etc...) mis en place par l'Agence et d'un soutien par un consortium d'établissements francophones souvent du Nord (missions d'experts, d'enseignants, accueil d'enseignants et d'étudiants du Sud pour des stages de perfectionnement ou d'études, dotation de manuels et documents pédagogiques, etc...)
Les formations sont validées par un diplôme reconnu en général par le consortium.
Actuellement une soixantaine de filières nationales et internationales fonctionnent dans toutes les disciplines, principalement en Asie du Sud Est, en Europe Centrale et Orientale et dans le monde arabe.
Prochainement l'ouverture d'une filière de maîtrise en " mathématiques appliquées et modélisation " est prévue à la Faculté des Sciences de l'Université de Maurice appuyée par un consortium comprenant entre autres les universités de La Réunion et de Bordeaux.
