Le premier Sommet des Chefs d'États et de Gouvernement des pays francophones lance le projet d'une Francophonie scientifique en 1986 à Versailles.
L'Assemblée générale de l'AUPELF décide en 1987, lors du sommet de Québec, de créer en son sein, l'Université des Réseaux d'Expression française (UREF) pour répondre à ce besoin exprimé par le Sommet. La notion de réseau qui apparaît ainsi officiellement pour la première fois recouvre le rassemblement d'hommes, de responsables et/ou d'institutions francophones au sein de structures d'intérêt commun autour d'un thème précis.
L'AUPELF-UREF devient ainsi l'opérateur multilatéral francophone pour l'Enseignement supérieur et la Recherche reconnu par le Sommet des Chefs d'État et de Gouvernement francophones de DAKAR en 1989.
En 1994, suite au Sommet des Chefs d'États francophones de Maurice, est mis en place le Fonds Francophone de la Recherche (FFR) provenant aussi d'un financement multilatéral et destiné à soutenir la recherche en particulier dans les pays du Sud avec l'appui des pays du Nord.
En 1996, suite au Sommet des Chefs d'États francophones de Cotonou sont créés le fonds francophone universitaire de l'information (FFI) destiné à financer les différents programmes de l'information scientifique et technique (édition, diffusion, SYFED, REFER), le Fonds francophone universitaire de la formation (FFF) pour soutenir l'enseignement du et en français (classes bilingues, filières et instituts internationaux francophones, bourses d'études) et le fonds régional pour l'Enseignement supérieur (FRES) pour promouvoir les échanges d'étudiants, d'enseignants chercheurs et les actions de formation et de recherche en collaboration régionale.
En 1998, suite au Sommet des Chefs d'État et de Gouvernement francophones de Hanoi est lancé le projet d'Université virtuelle francophone (UVF) impliquant la création de campus virtuels régionaux s'appuyant sur les bureaux régionaux et les Centres Syfed-Refer.
