L'Association des Universités Africaines (A. U. A.)
L'Association des Universités Partiellement ou Entièrement de Langue Française et l'Université des Réseaux d'Expression Française (AUPELF-UREF)
L'Association Internationale des Universités (A. I. U. )

Des accords de coopération, de partenariat et des jumelages ont été signés entre l'Université d'Antananarivo et les Universités des pays suivants : Afrique du Sud, Belgique, France, Italie, Fédération de Russie, République Fédérale Allemande, Suisse, U. S. A. Ces accords relèvent du domaine de l'Enseignement et de la Recherche et portent sur les échanges de documentation, de matériels pédagogiques, chercheurs et étudiants.

L'Université d'Antananarivo a également des relations avec les bailleurs de fonds tels que la Banque Mondiale.

En outre, un Accord Cadre entre les Institutions Universitaires dont l'Université d'Antananarivo et les Opérateurs Economiques malgaches a été signé le 17 Juillet 1992, en vue de facilité l'intégration des produits des Universités dans le monde des affaires et d'orienter les activités de recherche des deux partenaires vers la création et le développement d'entreprises sur la base des potentialités locales. Des accords spécifiques de partenariat ont été signés entre les Opérateurs et les Facultés et Ecoles selon des disciplines déterminées.