L'Ecole Nationale d'Informatiquee est organisée en 2 départements ayant la responsabilité des enseignements et de la recherche dans leurs spécialités respectives :

• Maintenance des Systèmes Informatiques (MSI)
• Formation d'Ingénieurs

• une dotation en logiciels, micro-ordinateurs, équipements de laboratoire de maintenance et matériels didactiques,
• l'appui à la formation des formateurs et le renouvellement du fonds de la bibliothèque,
• l'affectation à l'Ecole d'Assistant techniques.

L'AUPELF-UREF a financé l'organisation des missions d'enseignements de recherches au profit de l'Ecole. Grâce au partenariat avec cet organisme, l'ENI entretient des relations de coolaboration avec l'Institut de Recherche en Mathématiques et Informatique Appliquées (IREMIA) de l'Uiversité de La Réunion et avec le Département d'Informatique de l'Université de Maurcie.
Dans le cadre de partenariat entre l'Université de Fianarantsoa et l'Université de La Réunion, l'IREMIA acceuille chaque année un élève ingénieur diplômé de l'ENI en formation en DESS en Réseaux-Multimédia-Informatique.

Au niveau National, chaque année deux élèves ingénieurs diplômés de l'ENI poursuivent des formations en DESS "Les outils d'observation de la terre et de gestion des informations pour l'Environnement" au Centre de Formation aux Sciences de l'Information Géographique et de l'Environnement (CFSIGE). La Mission Française de Coopération et l'USAID/Madagascar participent au finacement des diplômés de l'ENI au CFSIGE.

L'ENI entretient des relations de partenariats avec plus de 300 sociétés, entreprises et organismes.