Au début, en 1977, l'Université de Mahajanga n'était qu'un Centre Universitaire Régional (C.U.R.) formé de la seule filière Médecine Dentaire. Et l'administration était confiée à un Directeur, assisté d'un Secrétaire Général.

Deux autres filières ont été implantées en Octobre 1984: Sciences naturelles et Médecine générale.

Le Centre Universitaire Régional de Mahajanga a été érigé en Université le 7 Octobre 1988; une nouvelle appellation du premier responsable exécutif porte sur le Recteur, assisté d'un Directeur Administratif et Financier.

Les filières ont été transformées en Etablissements d'Enseignement Supérieur en 1990.

En 1992, un décret portant fonctionnement et organisation des Universités stipule que:

• Chaque Université a son autonomie de gestion administrative et financière,
• Le Conseil d'Administration doit être instauré à cet effet
• Les Etablissements d'Enseignement Supérieur sont érigés en Facultés.