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L'I.N.S.T.N. Madagascar a été créé en 1992, par extension du Laboratoire de Physique Nucléaire et Physique Appliquée (L.P.N.P.A.) qui a été créé en 1976, à partir de zéro par le Professeur RAOELINA ANDRIAMBOLOLONA. C'est la seule institution à Madagascar chargée, d'après son statut, de conseiller le gouvernement sur les applications des sciences et des techniques nucléaires. Grâce à l'assistance de l'Agence Internationale de l'Energie Atomique (A.I.E.A.), qui a doté le laboratoire d'un détecteur gamma au Ge(Li) et d'un analyseur multicanal, le L.P.N.P.A. débutait ses tous premiers travaux de recherche en s'orientant essentiellement dans l'étude de la radioactivité des minerais de Madagascar. En lui donnant son accord, le Ministère de l'Enseignement Supérieur offrait également au laboratoire une envergure nationale. A la veille de sa transformation en I.N.S.T.N. Madagascar, le L.P.N.P.A. comptait un Département de Spectroscopie Nucléaire, d'Electronique Nucléaire et Maintenance, de Fluorescence X, de Physique Théorique et de Physique Appliquée, d'Informatique et de Radioprotection. En 1992, quand le laboratoire s'est libéré de la tutelle du département de physique de la Faculté des Sciences d'Antananarivo après avoir obtenu une autonomie financière et administrative, il a été transformé en I.N.S.T.N. Madagascar et a été officiellement inauguré le 26 novembre 1992. L'institut est directement rattaché au Ministère de l'Enseignement Supérieur. Aprés sa transformation en I.N.S.T.N. Madagascar, l'ex-L.P.N.P.A. a plus ou moins conservé l'ancienne structure moyennant certains aménagements. il a à sa tête un conseil d'administration et trois directeurs nommés par décret gouvernemental:
et les huit chefs de département. Le Conseil d'Administration est chargé de statuer sur les décisions proposées par la Direction Générale. Il est présidé par Monsieur le Ministre chargé de l'Enseignement Supérieur ès qualité. Le Directeur Général est chargé notamment de mettre en oeuvre la politique générale et les programmes de recherches définis par le Conseil d'Administration, d'établir des relations de coopération et de collaboration avec les universités, les laboratoires nationaux et étrangers et de représenter l'institut dans tous les actes de la vie civile ainsi que toutes les actions en justice. Il est assisté pour cela par:
La direction technique et du développement comprend des départements scientifiques placés chacun sous la responsabilité d'un chef de département. Les sept départements existants sont : Dosimétrie et Radioprotection, Technique de Fluorescence X et Environnement, Analyses et Techniques Nucléaires, Systèmes Energétiques, Physique Théorique, Maintenance et Instrumentation, Communication (Anglais et Edition scientifiques). On compte aujourd'hui vingt-cinq personnels permanents, sept personnels à temps partiel, cinquante chercheurs et neuf étudiants. I.N.S.T.N. Madagscar a pour mission principale, d'après son statut de conseiller le Gouvernement Malgache sur les applications des sciences et des techniques nucléaires à Madagascar.
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