Le RECTORAT de l'Université de Fianarantsoa se trouve dans le Campus d'Andrainjato, qui se situe à 5 km à l'Est de la ville de Fianarantsoa, en direction de la route vers Mahasoabe.

Le Conseil d'Administration de l'Université doit travailler étroitement avec le Conseil Scientifique pour éclaircir et orienter ses décisions au bénéfice du développement de l'institution et de la recherche. Son rôle consiste à:

• exploiter de façon optimale sa représentativité institutionnelle, culturelle et morale, la multidisciplinarité des membres pour rentabiliser au maximum sa capacité d'échanges, de communication et de recherche de financement.
• responsabiliser l'exécutif, face aux résolutions adoptées.
  Tout ceci en vue du développement de l'Université de Fianarantsoa,de son rayonnement et de sa crédibilité nationale et internationale.

Le Conseil Scientifique de l'Université doit jouer son rôle d'organe de décision en matière d'évaluation et de validation des programmes de recherche et des travaux scientifiques réalisés pour la promotion des enseignants-chercheurs, tout en ayant la possibilité de faire appel à des chercheurs de renommée internationale au besoin.

Le Recteur est chargé de mettre en oeuvre la politique générale, le plan de développement institutionnel qui fait l'objet d'une approbation par le Conseil d'Administration.
Il a aussi pour mission d'établir des relations de coopération et de collaboration avec divers Institutions nationaux et internationaux, et de représenter l'Université dans tous les actes de la vie civile ainsi que toutes les actions en justice.

Deux directions ont été mises en place dans l'organigramme de l'Université. Elles appuient Le Recteur pour accomplir ses nobles tâches :

• Direction Administratif et Financier (DAF)
  Directeur : Mr. Dominique RAZAFIMANAMPY
  Cette direction assure la gestion du presonnel administratif et de la gestion financière. Elle a sous sa responsabilité le Service Ressources Humaines, le Service Financier, le Service Approvisionnement et Magasin, de Bâtiment et de Patrimoîne Foncier, le Service Sécurité et Environnement et le Service Technique et Matériel.
  
  
• Direction d'Appui à la Recherche et au Partenariat (DARP)
  Directeur : Mr. Rivo RAKOTOZAFY (Maître de Conférences)
  Messagerie : rrakotoz@syfed.refer.mg
  Cette direction a pour mission d'inciter les Enseignants-Chercheurs à entreprendre des activités de recherches et de venir à l'appui aux publicationc de leurs travaux de recherche. Le renforcement des relations partenariales est aussi une des préoccupation majeure de la direction.
  Cinq services viennent à l'appui à cette direction pour accomplir sa mission : le Service d'Appui à la Recherche, le Service d'Appui à la Professionnalisation, d'Entreprenariat et de Partenariat, le Service d'Information, de Communication et d'Orientation, le Service de Documentation et le Centre de Civilisation et Musée.