Conseil d'Administration: composé de 12 membres interministériels. Il constitue l'instance suprême de décisions liées aux exigences du développement de l'institution universitaire.

Recteur: premier responsable exécutif et veille à l'application des textes et décisions en matière de gestion financière et des ressources humaines.

Conseil Scientifique: présidé par le Recteur, il cherche constamment à élargir la capacité d'échanges scientifiques, la capacité de transfert par le système d'évaluation et de validation de projets et travaux de recherche présentés par les enseignants chercheurs.

Direction Administrative et Financière: à son tour le DAF assure le suivi des différents services rattachés au Rectorat.

Haut Conseil Exécutif: composé des Doyens et Directeurs et présidé par le Recteur, il cherche à la mise en place de la stratégie d'application de l'ensemble des procédures d'exécution.

Conseil Spécial: rattaché au rectorat, il forme le noyau de conception et de consultation.