L'INSTN Madagascar est l'organe technique qui travaille en collaboration avec le Ministère du Commerce et de la Consommation, et la Direction des Douanes, pour le contrôle de qualité des denrées alimentaires importées ou à exporter sur les paramètres toxiques (métaux lourds) et radioactifs, suivant l'arrêté interministériel n° 3961/93 fixant les modalités de contrôle et de détermination des taux de concentration des radionucléides dans les denrées alimentaires.

L'INSTN Madagascar est agréé comme laboratoire de référence nationale par l'autorité compétante en matière d'analyse des eaux dans les industries agro-alimentaires et de contrôle de la qualité des denrées animales ou d'origine animales, suivant la décision n° 1168/97/dsv de la direction des services vétérinaires, pour le contrôle des métaux lourds et des substances radioactives.